Tokom Drugog svetskog rata veliki broj članova antifašističkog pokreta otpora u raznim evropskim zemljama, ubeđeni da je Evropska unija jedini garant mira i ekonomske stabilnosti među evropskim narodima, osnovale su širok federalistički pokret. Početak osnivanja evropske federalističke organizacije označio je sastanak federalista iz 14 evropskih zemalja od 15-22. septembra 1946. godine u Hertenštajnu, na inicijativu švajcarske organizacije Evropa-unija.

Povodom drugog sastanka u Luksemburgu na kome su svetski federalisti imali važnu ulogu dogovoreno je da se osnuje stalni evropski sekretarijat sa sedištem u Parizu i svetski sekretarijat u Njujorku. Upravo je u Parizu zvanično i osnovan UEF 15. i 16. decembra 1946. godine sa ciljem da koordinira i intenzivira aktivnosti različitih pokreta i da ih organizuje po federalističkim principima.

Federalista Aleksandar MARC (1904-2000) postao je prvi generalni seketar organizacije.

Nakon prvog međunarodnog saveta održanog u Amsterdamu u aprilu 1947, UEF je održao svoj prvi evropski kongres u gradu Montreu od 27-31. avgusta 1947. Kongres su obeležili ličnim idejama Denis de RUŽMON (1906-1985) Henri BRUGMANS (1901 - 1997) i Aleksandar MARC. Odluke o političkoj ekonomiji i politici donete u gradu Montreu čine istorijske dokumente federalizma. Šesnaest zemalja je bilo predstavljeno, kao i oko četrdeset grupa iz Nemačke, Austrije, Luksemburga, Holandije, Švajcarske, Ujedinjenog Kraljevstva, Italije,Belgije i Fancuske.

Kada je formiran Savet Evrope, UEF se zalagao za federalni pakt, podnošenjem peticije koju su potpisale hiljade građana i veliki broj istaknutih ličnosti iz političkog, intelektualnog i naučnog života. UEF se takođe zalagao za ratifikaciju Evropske odbrambene zajednice i za uspostavljanje političke zajednice.

Nakon što je projekt Evropske odbrambene zajednice bio odbijen, federalisti su postali podeljeni po pitanju strategije UEF-a, jednu stranu predstavljao je Altiero SPINELI (1907-1986) koji je zagovarao ustavotvorni pristup, a sa druge strane su bili oni koji su se zalagali za pristup korak-po-korak. Prvi se nisu mogli zadovoljiti samo zajedničkim tržištem, a drugi su ga u potpunosi podržavali. Ovaj konflikt je doveo do podele unutar UEF-a u julu 1956. i to na dve odvojene organizacije: Evropski federalistički pokret, koju su činili ekstremniji članovi ustavotvornog pristupa i Evropska federalistička akcija, koju su činili pripadnici druge opcije.

Ali jednom kada je carinska unija formirana, sa perspektivom razvoja u ekonomsku i monetarnu uniju, dve federalističke organizacije su se složile da bi trebalo da se okupe i pokrenu svoje aktivnosti, tako što će voditi kampanju za direktne izbore za Evropski parlament. Ova strateška ideja je ubrzo postala zajednička platforma svih federalističkih organizacija koje su se sastale u aprilu 1973. i ponovo pokrenule UEF.