• Kongres
• Federalni komitet
• Izvršni biro
• Predsednik
• Generalni sekretar
• Arbitražni odbor

Kongres
Kongres je „generalna skupština“ Unije evropskih federalista. Sastaje se svake druge godine i čine je delegati organizacija članica UEF-a. Kongres utvrđuje politiku UEF-a, bira predsednika, modifikuje odredbe Statuta i bira polovinu članova Federalnog komiteta.

Federalni komitet
Federalni komitet se sastoji od 50% članova koje direktno bira Kongres UEF-a, a 50% članice organizacije. Članovi se biraju na funkciju do prvog sledećeg Kongresa. Komitet određuje politički pravac UEF-a i aktivnosti između dva kongresa. On organizuje Kongres, odobrava godišnji budžet i završni račun, određuje procedure i pravila UEF-a i bira Izvršni biro i Blagajnika.

Izvršni biro
Izvršni biro je izabran od strane Federalnog komiteta na period od dve godine. Izvršni biro izvršava odluke i odgovoran je Federalnom komitetu.

Predsednik
Predsednika UEF-a bira Kongres apsolutnom većinom. On je takođe i predsednik Federalnog komiteta i Izvršnog biroa. Aktuelni predsednik UEF-a je Endrju DAF (partija Liberalni demokrati, Ujedinjeno Kraljevstvo), član Evropskog parlamenta i predsedavajući Federalističke intergrupe u EP.

Generalni sekretar
Generalni sekretar UEF-a odgovoran je za vođenje sekretarijata i izvršavanje odluka koje su mu organi UEF-a poverili. Učestvuje na sastancima organa UEF-a, ali bez prava glasa. Postavlja ga Federalni komitet na preporuku Izvršnog biroa. Trenutno na poziciji Generalnog sekretara UEF-a nalazi se Kristijan VENING.

Arbitražni odbor
Arbitražni odbor čini sedam članova koje bira Kongres. Stara se o primeni Statuta i arbitrira u slučajevima neslaganja unutar organizacije.